墨脱县位于西藏自治区东南部，雅鲁藏布江下游，隶属于林芝市。处北纬27°34＇～29°56＇，东经93°46＇～96°05＇之间，东、西、北三面环山，东以丹巴曲与察隅县相隔；北以岗日嘎布山与波密县相接，嘎隆拉为其主要山口；西北以喜马拉雅山东端主脊体为界与米林县相邻；西南以西巴霞曲为界与山南市错那市和隆子县分界；南面以喜马拉雅山脉山麓线为界与印度毗邻。作为雅鲁藏布江进入印度阿萨姆平原前，流经中国境内的最后一个县，境内江河溪流与山川交相呼应，呈树枝状分布，雅鲁藏布江自北向南穿过，形成向南开口的“马蹄形”地势，南迦巴瓦山高雄伟，居于县境北部，山顶海拔7 782米，是西藏最古老的佛教“雍仲本教”的圣地。

 墨脱，藏语意为“花朵”，在藏传佛教经典中称“博隅白玛岗”，意为“隐藏着的莲花”。相传9世纪时莲花生大师受吐蕃赞普赤松德赞之请遍访仙山圣地，到了这里发现此处如一朵盛开的莲花，有圣地之相，遂在此修行弘法，并取名“白玛岗”，历来被藏传佛教信徒视为圣地，据传此地粮食堆积如山，取之不尽；肉食各取所需，用之不竭；虎骨、麝香、雪莲、灵芝俯拾即是，山珍野味、香甜果品应有尽有，还藏有传说中打开通往极乐世界神门的金钥匙。《甘珠尔》藏经里称：“佛之净土白玛岗，圣地之中最殊胜”。清朝安国定边的将领刘赞廷曾曰：“森林弥漫数千里，花木遍山。藤萝为桥，诚为世外桃源。”

 早在新石器时代晚期，墨脱境内就有人类繁衍生息。唐武德元年（618年，藏历土虎年）左右，珞瑜地区被吐蕃军队占领并确定了其统治地位。唐贞观十二年（638年，藏历土狗年），吐蕃王国打败吐谷浑后，采取分而治之的策略，将其部分居民移入珞瑜地区进行管理。13世纪中叶，蒙古汗国大将西凉王阔端设府凉州遣军队入藏，其政治势力直抵珞瑜地区。18世纪前期，门巴族从门隅和主隅地区东迁至墨脱定居。清乾隆四十五年（1780年，藏历第十三饶迥铁鼠年），八世达赖喇嘛强白嘉措派塔布地区达拉甘布寺的藏族喇嘛甘布巴到白玛岗传教，建立了仁青崩寺，西藏地方政府从此加强了对珞瑜地区的控制。约在十九世纪后半叶，门巴族和珞巴族之间因争土地和猎场发生纠纷，进行械斗。波密土王先后在墨脱地区建立了地东宗和嘎朗央宗，势力扩及到下珞瑜地区，进而统治了墨脱及大峡谷地区。清光绪七年（l881年，藏历第十五饶迥铁蛇年），波密土王在墨脱地东设立地东宗，下设5措。后因地东无水，迁至墨脱村，改称为墨脱宗。民国十六年（1927年，藏历第十六饶迥火兔年）至民国十九年（1930年，藏历第十六饶迥铁马年），藏波战争爆发，波密土王战败，墨脱直接归西藏地方政府统辖。西藏地方政府将格当地区分给松宗寺管辖，把帮辛地区分给倾多寺管辖，将墨脱地区分给色拉寺管辖，三寺各自建宗，到1959年色拉寺共向墨脱宗派出10任宗本。

 1951年4月25日，中国人民解放军第18军进军西藏后，将波密、珞瑜、工布三地区划属波密分工委管辖。1959年7月23日，墨脱县属塔工分工委所辖。同年8月27日，墨脱县委、县政府在米林县派区正式成立。1960年2月24日，塔工分工委改名林芝分工委，墨脱县属其管辖。1964年7月划归拉萨市管辖。1986年2月1日，墨脱县由拉萨市划归林芝地区管辖。1988年，全县撤区并乡工作完成，共建立8个乡、59个行政村。1988年5月，达木珞巴民族乡经国家民委批准成立。1999年，撤销墨脱乡，建立墨脱镇。2015年3月，撤销林芝地区，设立地级林芝市，墨脱县属林芝市辖县。

 2015年，全县辖墨脱镇、背崩乡、德兴乡、达木珞巴民族乡、格当乡、帮辛乡、加热萨乡、甘登乡等七乡一镇，46个行政村，总人口12 140人，其中农业人口10 398人，非农业人口1 742人。县内多以门巴族、珞巴族为主，门巴族主要分布于背崩、德兴、墨脱、帮辛等4个乡镇，现为全县人数最多的民族；珞巴族则主要分布于达木珞巴民族乡和加热萨乡，是珞瑜地区的原始居民；藏族主要居住在格当乡和甘登乡；少量汉族主要居住在县城。其中，门巴族、珞巴族分别在1964年、1965年经国务院批准确认为我国少数民族之一。