墨脱县下辖七乡一镇,45个行政村,其中:
墨脱镇下辖7个行政村,分别是墨脱村、亚东村、亚让村、米日村、玛迪村、巴日村、朗杰岗村(米日村、玛迪村均处于扎墨公路沿线)。
德兴乡下辖7个行政村,分别是巴登则村、易贡白村、那尔东村、荷扎村、德兴村、文朗村、德果村。
背崩乡下辖9个行政村,分别是背崩村、阿苍村、巴登村、波东村、西让村、地东村、格林村、德尔贡村、江新村。
达木珞巴民族乡下辖4个行政村,分别是达木村、卡布村、珠村、贡日村(贡日村处于扎墨公路沿线)。
格当乡下辖6个行政村,分别是格当村、布龙村、占根卡村、桑珍卡村、德吉村、多龙岗村。
帮辛乡下辖6个行政村,分别是帮辛村、根登村、帮果村、肯肯村、西登村、宗荣村,均分布在雅鲁藏布江河谷两畔。
加热萨乡下辖5个行政村,分别是更帮村、曾求村、达昂村、加热萨村、拉贡村。
甘登乡下辖1个行政村,分别是甘登村。